密室逃脱13的秘密任务设计核心在于环环相扣的线索逻辑与场景互动。游戏通过环境细节、道具组合和谜题嵌套构建任务体系，玩家需观察场景中的物品分布、文字提示或数字符号，逐步解锁关键道具。密码锁需结合书柜书籍排列或墙上的数字线索推导，而机关锁则依赖火把放置、齿轮调整等物理互动。部分任务要求玩家将分散的符文、宝石或钥匙碎片重新组合，形成完整解谜路径。
游戏采用分阶段任务引导机制，初期提供基础道具如手电筒、钥匙或撬锁工具，后期逐步引入复杂机关。剧场后台需操作留声机转盘触发机关，而黑暗之城章节则需破解声控灯、电压调试等电子谜题。任务设计注重多步骤协作，如合成双目镜需收集镜片、透镜罩和把手，而伪装任务需缝制假发并调配香水。这种设计确保玩家在解谜过程中持续获得阶段性反馈，避免因难度过高而中断体验。
秘密任务的叙事性融入是另一关键设计。任务并非孤立存在，而是与主线剧情紧密绑定，例如特工潜入核武器仓库的设定要求玩家破解指纹锁、传递情报。场景中的报纸、病历或ID卡等文本线索既推动剧情，又提供解谜依据。部分任务如迷失的符文或逃离迷宫诅咒还引入奇幻元素，通过符号学或逻辑推理增强沉浸感，使解谜过程兼具故事性与挑战性。
基础关卡如第一关仅需射击靶子、输入密码，而后期世界迷宫需综合空间推理、密码破译和团队协作。游戏采用试错引导机制，允许玩家通过重复操作或组合实验发现解法，例如汉诺塔游戏或电压调试需多次尝试。找物品小游戏作为调剂，要求玩家在复杂场景中定位隐藏道具，平衡了核心解谜的强度。
遇到卡关时可使用游戏内提示功能，部分章节如黄昏1提供时间管理指引，确保玩家在限定时间内高效行动。任务完成后会解锁剧情片段或道具图鉴，形成正向激励。这种设计既保留了硬核解谜的乐趣，又通过渐进式提示保障了通关可能性。
