通关七岛剧情后，玩家需要返回枯叶市码头与博士对话，将图鉴升级为386图鉴（需捕获至少60种宝可梦）。完成升级后，再次前往一号岛屿的PC中心与右侧研究员交谈，触发后续任务。游戏会提示寻找红宝石和蓝宝石，这两件道具是开启二周目内容的关键物品。红宝石可通过击败火烈山洞窟内的火箭队成员获得，而蓝宝石则需在六之岛的迷宫内解谜取得。
取得两颗宝石后需返回一号岛屿交给研究员，随后解锁剩余岛屿的船票权限。可前往五号岛屿的仓库区域，输入从六之岛迷宫获得的密码进入内部，击败火箭队并夺回蓝宝石。五号岛屿的仓库密码分为两段，第二段密码需在六之岛迷宫深处通过特定路线（上、左、右、下）触发剧情才能获得。完成宝石交付后，游戏将开放跨区域通讯功能，允许与宝石版进行联动。
二周目新增内容包含战斗塔挑战和传说宝可梦捕捉。七号岛屿的训练师之塔提供高强度对战，建议队伍等级达到65级以上再尝试挑战。而四号岛屿的冰之洞窟最底层可获得秘传机07登瀑术，使用该技能可抵达隐藏区域遭遇冰系宝可梦。若在图鉴升级后捕获数达到特定条件（如100种），博士助手会分别在沙吉市和库林岛赠送学习装置与守卫板等实用道具。
最终阶段可返回水蓝市捕捉超梦完成主线收尾，其等级为70级且位于华蓝洞窟最深处。建议携带恶系或虫系技能应对其强大的超能力招式。完成全部内容后，玩家可通过船票反复访问各岛屿继续完成图鉴收集，或利用通讯功能交换版本限定宝可梦。游戏时间超过50小时且完成度较高时，部分NPC会赠送稀有道具作为奖励。
