放开那三国3的副本系统主要分为主线副本、精英副本和活动副本三大类，分布在游戏内不同章节和功能界面中。主线副本按章节推进，从第二章开始每个章节都设有固定副本，通关后可解锁扫荡功能。精英副本需要先完成对应的普通主线副本才能解锁，难度更高但奖励更丰厚。活动副本则是周期性开放的特色玩法，如黄泉之乱和赤壁鏖兵等，需要从活动界面进入。
副本的隐藏要素是游戏特色之一，各章节都设有隐藏点需要玩家探索。例如第二章隐藏点在左上角石碑处，第五章位于左下角圆盘旁的树林，第十章在左下角雕像身后山峦阴影处。这些隐藏点往往包含特殊事件或稀有资源，但需要仔细观察环境线索才能发现。部分隐藏点还设有守卫挑战，如第十九章的野猪和第三十一章的巨蝎，击败后可解锁游历簿中的异兽图鉴。
副本战斗采用九宫格布阵系统，玩家可自由安排6名武将在3×3区域站位。前排建议放置护卫或先锋类武将吸收伤害，中后排适合部署谋士和辅助。要注意敌方技能类型调整站位，比如面对竖排攻击武将时，可将主力输出避开护卫正后方位置。战斗中怒气积累至1000点可手动释放必杀技，合理利用技能打断和属性克制能显著降低战损。
每日体力建议优先用于活动副本，其次精英副本，最后主线副本。装备养成方面，紫色品质以下无需精炼超过+5，金色装备优先强化武器和鞋子。武将培养应集中资源给主力输出，如吕布、赵云等突破至三星解锁核心技能，辅助类武将达到二星即可。魔魂塔和攻城略地等特殊副本在通关特定主线后开放，是获取饰品和银币的重要途径。
军团系统在通关第六章后解锁，提供副本辅助功能。通过军团捐献可获得藏宝图修复卷轴，修复后能挖掘副本相关资源。军需所可请求武将碎片，剿灭强敌玩法则能挑战军团BOSS获取奖励。每周一可根据贡献值领取工资，军团商店等级越高可兑换的资源品质越好。这些军团玩法与副本进度相辅相成，建议尽早加入活跃军团。
副本三星评价需同时满足通关条件、隐藏要素收集和特殊挑战任务。若未达成三星，结算画面会明确提示未完成项。战力压制机制需注意，当敌方平均战力超过己方15%时会触发伤害减免效果，可通过装备精炼或将星系统提升战力。元宝消耗应优先用于名将招募、阵营招募和体力购买，45级前适当阵营招募有助于快速开启阵营光环。
