前往六之岛需要完成一系列前置条件并解锁特定剧情。玩家必须获得七枚徽章并击败精英四天王，这是触发跨岛航行的基础条件。随后需要前往一之岛的港口，通过修复巨石谷的机器激活岛屿连接网络，才能选择前往六之岛。关键道具彩虹通行证（Rainbow Pass）是登船的必要凭证，通常会在主线任务中自动获取。
抵达六之岛后，探索流程分为环境适应与任务推进两个阶段。岛屿地形以水道迷宫和火焰之路为主，需提前准备会冲浪技能的口袋妖怪。古代遗迹区域存在需要解读的符号谜题，而洞穴内部则需使用怪力技能推动岩石解谜。六之岛没有传统道馆设置，取而代之的是分散的试炼挑战，包括击败特定训练师或寻找隐藏物品。
关于蓝宝石任务线的处理方式，玩家需在六之岛洞穴迷宫取得蓝宝石后触发抢夺剧情，随后返回五之岛输入新密码。此环节涉及火箭队基地的攻破，建议队伍等级达到50级以上以应对高强度战斗。任务完成后，通讯功能将在一之岛解锁，这是后续剧情推进的关键节点。
六之岛的生态体系具有独特性，部分稀有口袋妖怪如未知图腾仅在此区域出现。捕捉时需注意其出现条件：在遗迹区域需完成石板拼图，而火焰之路的岩浆地带则需使用特定技能开辟路径。建议携带充足的高级球和状态恢复道具，部分区域野生妖怪等级会突然提升至60级左右。
最终阶段的通关要点集中在岛屿南部的封锁区域。通过完成七个试炼之地挑战可获得开启权限，内部设有等级压制机制，推荐使用龙系或冰系技能应对守关训练师。全部完成后可激活返回主大陆的快速通道，至此六之岛探索流程基本结束。整个过程中，合理分配技能机器使用次数和道具储备量是维持探索效率的核心要素。
