大掌门2的关卡系统由多个大章节构成，每个章节包含若干小关卡，具体数量因游戏进度和章节设计而异。关卡分为普通小兵、精英守卫和Boss三种类型，挑战次数和消耗体力值各不相同。普通小兵每日可免费挑战99次，精英守卫每日限10次，Boss每日限5次，每次挑战消耗5点体力，失败不扣除体力。关卡星级评定标准分为三星完胜、二星胜利和一星险胜，影响后续扫荡功能的解锁条件。
游戏初期需优先推进主线关卡以解锁核心玩法，如扫荡功能需主角达到16级且三星通关副本后才能开启。关卡奖励包括掌门经验、弟子经验、装备碎片及弟子魂魄等资源，首次通关Boss还可获得武林通鉴断篇。每章节累计星数达到指定数量可领取星级宝箱，精英关卡则掉落专属精英宝箱。闯关过程中可能触发随机奇遇事件，提供额外资源补给。
体力管理是关卡推进的关键，前期建议通过升级、道具叫花鸡或VIP特权补充体力。华山论剑和夺残章等玩法虽不消耗体力，但需合理分配元气资源以兼顾经验获取。江湖图鉴系统在掌门41级后开放，可快速定位特定精英或Boss关卡，便于定向刷取所需资源。需注意，部分高阶装备兑换要求连续两天通关指定关卡数，需提前规划挑战进度。
关卡难度随章节提升而递增，需同步强化弟子阵容与装备。主力弟子建议优先突破等级并搭配缘分组合，装备强化以攻击属性为核心。后期关卡对阵容策略要求较高，需根据敌方特性调整站位和技能释放时机。血战玩法作为无限闯关模式，虽独立于主线关卡，但通关表现与主线进度挂钩，两者资源产出可形成互补。
大掌门2的关卡设计兼顾线性推进与自由探索，资源产出机制鼓励玩家持续优化养成策略。关卡数量并非固定值，而是随版本迭代动态扩展，需结合自身实力分阶段攻克。
