购买战舰后需要通过联络站或蓝图研究系统进行实际部署。战舰并非直接存入玩家仓库，而是需要根据当前星系势力范围和个人基地等级进行调配。联络站作为主要交易枢纽，通常由玩家同盟占领的星系据点提供舰船购买服务，派遣任意战舰与之对接即可激活购买界面。若通过蓝图箱抽卡获得战舰，则需在基地的战舰生产功能中消耗预制模组和资源进行建造，建造完成后自动停泊在军事港口等待编队。
战舰的实际位置取决于其当前任务状态。未编入舰队的战舰会停留在基地港口，而参与采集、战斗或运输任务的舰船则会显示在战略地图的计划圈内。计划圈是行动指令的核心载体，采矿、攻城或巡逻都需要提前划定区域。通过点击计划圈数字标识，可以查看内部所有舰船的实时坐标与状态。若战舰在执行跨星系任务，曲率航行支持功能会以虚线显示其行进路线，但需注意敌对势力可能在中途设伏拦截。
战舰所有权与基地对接机制密切相关。当玩家将基地迁移至资源带时，原有停泊在港口的战舰会自动跟随转移，但正在执行任务的舰队需手动召回。若基地未与任何联络站或同盟城市对接，部分高级战舰可能因权限问题暂时无法调用。需通过前哨站指挥中心建立临时联络点，或加入活跃同盟以解锁更多舰船调度权限。
战舰的长期存放需要依赖港口容量规划。军事港口和资源港口的容量上限分别制约战斗舰与工程舰的数量，超载会导致新造战舰无法停泊。建议优先升级通用港口设施，并定期清理损毁或低效舰船以释放空间。部分特殊战舰如航空母舰需独立生产线支持，其部署位置通常固定在中后排阵型，无法像护卫舰那样灵活调整站位。
最后需明确，战舰的实战位置始终服从于战术需求。无论是突击舰的前排压制还是轰炸舰的远程火力覆盖，其坐标均由编队预设阵型决定。玩家可通过战斗模拟器反复调整舰船站位，但实际战场中地形因素如小行星稀疏带会强制改变舰船碰撞体积与命中判定。购买战舰仅是起点，真正的掌控力体现在对星际环境与舰队协作的深度理解中。
