帝国战纪战役中武将的选择与运用是游戏策略的核心部分。游戏中的武将来自不同历史时期和国家，每位武将拥有独特的技能和属性，直接影响战役的胜负。曹操作为魏国的缔造者，其技能侧重军队机动性和资源获取，适合快速扩张领土；赵云以高攻击力著称，擅长突破敌方防线；孙权技能均衡，兼具增益和减益效果，适合多变的战场环境；刘备作为团队核心，能提升士气并治疗伤兵；诸葛亮则以策略技能闻名，可扭转战局。这些武将的合理搭配是战役胜利的基础。
武将之间存在相生相克的关系，需根据敌方阵容灵活调整。面对密集敌军时，选择拥有范围攻击能力的武将更有效；需要快速突袭时，优先使用移动速度快的武将。赵云适合对抗防御薄弱的目标，而诸葛亮更适合应对复杂战场环境。武将的成长系统包括升级和技能提升，通过战役积累经验可增强其能力。部分武将需通过特定条件解锁，如酒馆招募或任务奖励，玩家需规划资源以获取关键武将。
战役模式中，武将的布阵位置直接影响战斗效果。通常肉盾型武将应置于前排吸收伤害，输出型武将位于后排提供火力支援。部分武将如伊斯塔娜兼具输出和治疗能力，可灵活调整位置。雷克萨斯拥有范围减速技能，适合控制敌方行动；伊丽莎白·贝拉斯特擅长远程攻击，适合压制敌方后排。武将的被动技能也需关注，如攻击吸血或击杀增益效果，可在持久战中发挥重要作用。
武将的品质分为紫色、橙色和红色，品质越高基础属性越强。紫色武将如汉尼拔可通过首充获取，性价比高；橙色武将需消耗兵符突破，属性提升显著；红色武将如项羽、拉美西斯二世属于顶级战力，但培养成本较高。非付费玩家可通过精英招募或赛季活动获取高品质武将，需优先培养核心武将以应对中后期战役。武将的装备搭配也需符合其定位，如破甲装备适合技能型武将。
战役的全局策略需结合武将特性与战场目标。部分战役需优先击杀特定目标，应选用爆发型武将；防守类战役则需注重治疗和防御加成。武将的连携效果也需考虑，如刘备与诸葛亮的组合能同时提升团队生存和输出能力。玩家需通过实战测试不同阵容的强度，并针对敌方弱点调整战术。战役难度提升，武将的专属兵符和神器系统将成为关键战力来源。
